sulfo-Cyanine3 dUTP 是一种带有磺化(sulfo)修饰的荧光标记核苷酸,具体为标记在胸苷三磷酸(dUTP)上的Cyanine3染料衍生物。它是一种重要的生物化学试剂,广泛应用于分子生物学、基因组学及细胞生物学领域,用于核酸标记、检测和成像。
化学结构与性质
sulfo-Cyanine3 dUTP由三部分组成:
dUTP(脱氧尿苷三磷酸):这是DNA合成过程中可被DNA聚合酶掺入DNA链中的脱氧核苷三磷酸的一个变体,结构上类似于dTTP(脱氧胸苷三磷酸),但含有尿嘧啶碱基。
Cyanine3(Cy3)荧光染料:Cyanine染料家族的一员,Cy3以其明亮的橙红色荧光和较高的光稳定性而闻名,激发波长一般约为550 nm,发射波长约为570 nm,适合多种荧光检测仪器和显微镜。
磺化修饰(sulfo-):磺化基团赋予Cyanine3染料水溶性增强的特性,减少非特异性结合,提高标记反应的特异性和效率。
物理化学性质
分子量:约在1000-1200 Da范围,具体根据修饰的具体化学结构而略有不同。
溶解性:由于磺化基团的存在,sulfo-Cyanine3 dUTP高度水溶性,易于溶解于缓冲液中,适合在生物反应体系中使用。
激发/发射波长:激发波长约550 nm,发射波长约570 nm,属于橙红色荧光,便于多通道荧光显微镜和荧光检测仪器的检测。
稳定性:磺化Cy3染料较普通Cy3更稳定,不易发生光漂白,适合长时间的荧光成像。
应用领域
DNA标记和检测
sulfo-Cyanine3 dUTP作为荧光核苷酸掺入DNA分子中,常用于原位杂交(FISH)、PCR扩增、DNA合成及标记实验。利用DNA聚合酶的酶促反应,将sulfo-Cyanine3 dUTP掺入合成的DNA链中,标记的DNA可以直接被荧光检测器检测,提高检测灵敏度和准确性。
基因表达分析
在核酸杂交芯片技术中,带有sulfo-Cyanine3标记的核苷酸可以用于标记cDNA探针,帮助检测目标mRNA的表达量,支持基因表达谱分析。
细胞成像
标记后的核酸探针可以通过荧光显微镜进行细胞内核酸定位和动态观察,帮助研究细胞内基因表达和DNA复制过程。
荧光定量PCR (qPCR)
部分qPCR体系采用荧光标记核苷酸替代部分天然dNTP,sulfo-Cyanine3 dUTP可以作为荧光信号来源,实现实时监测DNA扩增。
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