FAM-11-dUTP, 6-isomer

FAM-11-dUTP, 6-isomer 是一种荧光标记的脱氧核苷三磷酸（dUTP）衍生物，常用于核酸标记和分子生物学研究。该分子通过将荧光染料FAM（6-羧基荧光素，6-carboxyfluorescein）共价连接到脱氧尿苷三磷酸（dUTP）上，实现了在DNA合成过程中对新合成链的荧光标记。

“11”代表FAM染料与dUTP之间通过一个11个原子的链（通常是碳链）作为连接臂，提供适当的空间距离以减少染料对酶反应的干扰；“6-isomer”指的是FAM染料上的羧基位于分子的6号碳位置，与其7号碳位点异构，6-异构体是较为常用且光学性能优良的异构体。

化学结构与性质

FAM-11-dUTP由以下三部分组成：

脱氧尿苷三磷酸（dUTP）：DNA合成中可被DNA聚合酶掺入DNA链的核苷酸之一，碱基为尿嘧啶，结构类似于dTTP。

FAM染料（6-carboxyfluorescein）：属于荧光素类染料，具有荧光性能，激发波长约为495 nm，发射波长约为520 nm，发射绿色荧光，适用于多种荧光检测平台。

11-碳连接臂：将FAM染料与dUTP连接的空间桥梁，减少染料与酶的空间阻碍，提高掺入效率及标记的稳定性。

物理化学性质

分子量：一般约在1000-1200 Da范围，具体数值取决于连接臂的化学组成和标记方式。

溶解性：良好的水溶性，适合在水性缓冲液中使用。

光学性质：激发波长约495 nm，发射波长约520 nm，呈鲜明的绿色荧光。高量子产率和亮度使其成为分子生物学中常用的绿色荧光探针。

稳定性：较为稳定的荧光信号，能够适应多种实验条件。

应用领域

荧光标记DNA合成

FAM-11-dUTP可被DNA聚合酶掺入DNA合成过程中，直接在新合成的DNA链中标记荧光，方便对DNA进行实时监测和分析。

实时定量PCR（qPCR）

在qPCR实验中，FAM-11-dUTP可作为荧光核苷酸掺入模板扩增产物，通过实时监测绿色荧光信号，实现对目标DNA的定量检测。

原位杂交（FISH）

FAM-11-dUTP掺入标记的探针能够在细胞或组织切片中定位特定核酸序列，方便荧光显微镜观察基因表达或染色体异常。

分子检测技术

包括DNA微阵列芯片、单分子荧光检测以及核酸酶活性测定等，利用该荧光核苷酸的灵敏信号实现分子级别的检测和定量。

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