CY3-SS-31是一种通过共价修饰将花菁染料CY3与SS-31肽结合形成的荧光探针。CY3是一种橙红色荧光染料，具有高光稳定性和良好的生物相容性，适用于激光共聚焦显微镜成像；SS-31肽（Szeto-Schiller peptide 31）是一段四肽（D-Arg-2',6'-二甲基酪氨酸-Lys-Phe-NH₂），其结构包含交替的芳香族和带正电荷氨基酸，能够特异性富集于线粒体内膜，通过清除活性氧（ROS）或调节线粒体膜电位发挥抗氧化作用。
该复合物的合成通常采用酰胺键偶联法，将CY3的活性酯与SS-31肽的N端氨基反应，形成稳定的共价连接。CY3-SS-31在细胞实验中可同时实现线粒体定位观察与抗氧化功能验证：CY3的荧光信号能够实时显示肽在线粒体的分布；SS-31部分则通过减少线粒体ROS积累或抑制膜电位崩溃，维持线粒体稳态。研究显示，其在正常细胞和氧化应激模型中均能快速被线粒体摄取，且荧光强度与抗氧化效果呈正相关。应用领域包括线粒体氧化应激机制研究、抗氧化剂筛选及线粒体相关疾病的病理分析。
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